تدور محاور الورشة العلمية حول أربعة مواضيع رئيسة يندرج في إطارها عدة عناصر مختلفة:

أولاً: الإطار القانوني لمكافحة الإرهاب:
1)- الإطار القانوني العالمي لمكافحة الإرهاب.
2)- تطوير نظم العدالة الجنائية لمواجهة الأعمال الإرهابية.
3)- العلاقة بين الإرهاب و الأنماط الأخرى للجريمة المنظمة عبر الحدود الوطنية.
4)- تعزيز ضمانات حقوق الإنسان في سياق مكافحة الإرهاب.

ثانياً: التحقيق والمحاكمة في قضايا الإرهاب:
1)-إجراءات التحقيق والمحاكمة في قضايا الإرهاب.
2)- أساليب التحقيق الخاصة في مجال مكافحة الإرهاب.
3)- التعاون القضائي العربي في مجال مكافحة الإرهاب.

ثالثاً: الجهود الدولية لمكافحة الإرهاب:
1)- التجربة الوطنية السعودية في مجال مكافحة الإرهاب.
2)- الجهود التشريعية لدولة الأمارات العربية المتحدة في مجال مكافحة الإرهاب.
3)- أهداف الإتحاد الأوربي بشأن تفعيل قرار مجلس الأمن 1540 الخاص بمنع الإرهابيين من حيازة أسلحة الدمار الشامل.
4)- جهود جامعة نايف للعلوم الأمنية في مجال مكافحة الإرهاب.

رابعاً: التعاون الدولي لمكافحة الإرهاب:
1)- تعزيز التعاوني الدولي في مجال مكافحة الإرهاب.
2)- جهود المجتمع الدولي في مجال قمع الإرهاب النووي.
3)-  آليات التعاون الواردة في الصكوك القانونية الدولية الخاصة.